水圏におけるバクテリアは、微生物食物網（microbial food web）を構成する生物群の一つであり、有機物の分解者（Decomposer）として、また、捕食者にとっては餌料源として重要です。バクテリアの分布や量を調べることは、水圏の低次生態系における物質収支を定量的に評価するうえで欠くことのできない要素です。

　当社では蛍光顕微鏡による分析の他、各種の培養法を採用し、バクテリアを種類別に計数することも可能です。目的とするバクテリアが増殖しやすい培地（選択培地）を用い、寒天平板培地上に形成するコロニー数から計数する方法と、試料を選択培地で複数段階に希釈し、どの希釈段階で増殖してくるかを統計的な確率から推定する方法（MPN法）があります。これらの方法により、好気性バクテリア、嫌気性バクテリアなどを計数します。